生态环境保护工程合同纠纷是指当事人之间就生态修复、污染治理、环境整治、水土保持等生态环境保护工程项目的勘察、设计、施工、监理等订立的合同，在履行过程中产生的争议，核心在于认定合同效力、工程质量是否符合生态环保标准、工程价款结算及环保义务履行，常见于工程质量未达到生态修复目标、未按约定完成污染治理任务、工程价款结算争议、工期延误、发包人未及时提供施工条件等场景，此类工程兼具公益属性与市场属性，对生态环境质量提升具有关键作用。
法律规定：核心依据为《民法典》第七百八十八条至第七百九十九条（建设工程合同的一般规定）、第一千二百二十九条至第一千二百三十五条（生态环境侵权责任）；《环境保护法》《土壤污染防治法》《水污染防治法》《固体废物污染环境防治法》等单行法中关于生态环境保护的强制性规定；《建设项目环境保护管理条例》；《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》《最高人民法院关于审理生态环境损害赔偿案件的若干规定（试行）》的相关规定。
认定要点：合同效力的认定需审查承包人是否具备生态环境保护工程相应施工资质，无资质或超越资质的合同无效；工程质量的认定需依据生态环保行业标准、技术规范及合同约定的生态修复目标，需经专业环保检测机构评估，如土壤污染治理需达到《土壤环境质量 建设用地土壤污染风险管控标准》，未达标的需承担修复责任；工程价款结算的认定需审查工程量清单、工程签证、环保验收报告等证据，涉及政府投资的生态环保项目需按财政评审结果结算；环保义务履行的认定需审查承包人是否采取符合规定的环保施工措施，是否避免施工过程中造成二次污染。
民事责任承担方式：支付工程价款责任为发包人需按结算金额支付工程价款，逾期支付的承担利息损失；工程修复责任为工程质量未达生态环保标准的，承包人需限期返工修复，修复费用自行承担，修复后仍不达标则无权主张工程价款；赔偿损失责任为工程质量问题导致生态环境损害的，承包人需承担生态修复费用、生态环境服务功能损失等赔偿责任，造成第三人损失的还需赔偿实际损失；继续履行责任为判令承包人按约定完成生态环境保护工程施工任务，确保达到环保验收标准；解除合同责任为一方根本违约导致合同目的无法实现的，另一方可主张解除合同，并要求赔偿损失；环保整改责任为承包人施工造成二次污染的，需限期整改并承担相应的污染治理费用。
