农民专业合作社清算纠纷是指农民专业合作社解散后，在清算过程中，因清算组的成立、清算程序的履行、财产的清理与分配、债务的清偿等事项，引发清算组与成员、债权人、合作社之间产生的民事争议。核心在于规范合作社的清算程序，明确清算主体的责任，保障清算工作的合法性和公正性，确保成员和债权人的合法权益得到实现。常见场景包括清算义务人未及时成立清算组导致资产流失，清算组未按规定通知或公告债权人导致其债权未受偿，清算组违规处置资产损害成员或债权人利益，成员或债权人对清算方案、财产分配方案提出异议等。
法律规定：核心依据为《中华人民共和国农民专业合作社法》关于合作社清算的相关规定（如清算组的组成、清算程序、财产分配顺序）；《中华人民共和国民法典》关于法人清算的相关规定；《中华人民共和国公司法》关于公司清算的相关规定（可参照适用）。
认定要点：清算主体的认定，审查清算义务人（通常为合作社的成员、理事等）是否在法定期限内成立清算组，清算组的组成是否合法合规；未成立清算组或清算组组成违法的，需追究相关责任人的责任。清算程序的合规性认定，审查清算组是否依法履行了通知债权人、发布公告、清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、制定清算方案等义务；是否存在未履行或不当履行上述义务的情形。财产清理与分配的认定，审查清算组对合作社财产的清理是否全面、真实，是否存在隐匿、转移、变卖资产的行为；财产分配是否符合法定顺序（优先清偿债务，剩余财产按成员出资份额分配），分配方案是否经成员大会或法院确认。债务清偿的认定，审查清算组是否按规定清偿了合作社的债务，是否存在优先清偿部分债权人、损害其他债权人利益的行为；对未申报债权的处理是否符合法律规定。
民事责任承担方式：继续履行清算责任，判令清算义务人在指定期限内成立清算组，或判令清算组继续履行清算职责，完成财产清理、债务清偿和财产分配工作。赔偿损失责任，判令因未及时成立清算组、清算程序违法或违规处置资产，损害成员或债权人利益的清算义务人或清算组成员，赔偿相应的经济损失（如资产流失损失、债权未受偿损失）。财产返还责任，判令清算组或相关责任人返还隐匿、转移、变卖的合作社财产，用于清偿债务或向成员分配。债务清偿责任，判令清算组以合作社的财产优先清偿债务，不足部分由存在过错的清算义务人承担补充赔偿责任。确认清算方案效力责任，判令确认清算方案有效或无效；对无效的清算方案，判令清算组重新制定并按法定程序报批。
