农民专业合作社合并纠纷是指农民专业合作社在合并过程中，因合并决议的作出、合并程序的履行、合并后的债权债务承继、成员权益处置等事项，引发合作社与成员、债权人、其他合并方之间产生的民事争议。核心在于规范合作社合并行为，保障合并各方及相关主体的合法权益，维护农村集体经济组织的稳定运行。常见场景包括合作社成员对合并决议的程序或内容提出异议，债权人主张合并后的合作社承担原债务却遭拒，合并各方就合并资产的评估与分割产生分歧，成员因合并后权益受损（如股权稀释、经营决策权变更）主张赔偿等。
法律规定：核心依据为《中华人民共和国农民专业合作社法》关于合作社合并的相关规定（如合并决议的作出程序、债权债务承继规则）；《中华人民共和国民法典》关于法人合并、分立的相关规定；《中华人民共和国公司法》关于公司合并的相关规定（可参照适用）。
认定要点：合并决议的合法性认定，审查合并决议是否由合作社成员大会按法定或章程约定的表决比例作出，表决程序是否合法，是否充分保障了成员的知情权和参与权；未经合法表决程序作出的合并决议可能被认定为无效或可撤销。合并程序的合规性认定，审查合作社是否按规定履行了通知债权人、公告等义务，是否对债权人的异议作出了合理回应（如提供担保或清偿债务）。债权债务承继的认定，审查合并后的合作社是否依法承担原合并各方的债务，是否存在通过合并逃避债务的情形。成员权益处置的认定，审查合并过程中是否充分保障了成员的合法权益，如是否对成员的出资份额进行了合理处置，是否就合并后成员的权利义务作出了明确约定，是否存在损害成员利益的行为。
民事责任承担方式：确认决议效力责任，判令确认合作社合并决议有效、无效或撤销该决议；若决议无效或被撤销，判令终止合并行为并恢复原状。继续履行责任，判令合并各方按法定程序完成合并事项，如补正表决程序、履行通知公告义务、完善成员权益处置方案等。债务清偿责任，判令合并后的合作社对原合作社的债务承担连带清偿责任；若存在逃避债务行为，判令原合作社的清算义务人承担补充赔偿责任。赔偿损失责任，判令因合并程序违法或决策不当损害成员、债权人利益的一方，赔偿相应的经济损失（如成员出资份额贬损损失、债权人债权无法实现的损失）。权益调整责任，判令合并后的合作社对受损成员的出资份额进行合理调整，或给予相应的经济补偿。
