确认实质性派生品种纠纷是指当事人之间就某一植物品种是否为他人授权品种的实质性派生品种、派生品种的权利行使边界等事宜产生的争议，核心在于认定实质性派生关系的成立。常见场景包括品种权人指控他人培育的品种为其授权品种的实质性派生品种却未获得许可、派生品种培育人主张其品种不构成实质性派生、双方就派生品种的使用费支付产生争议等。此类纠纷是植物新品种保护的特殊类型，旨在平衡原始创新与后续改良的利益。
法律规定：核心依据为《中华人民共和国植物新品种保护条例》及实施细则中关于实质性派生品种的相关规定；《国际植物新品种保护公约》（UPOV公约）关于实质性派生品种的定义；《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》。
认定要点：实质性派生品种的认定，需审查系争品种是否源于原始授权品种（亲本品系），是否与原始品种在特征特性上基本一致，仅在非实质性性状上存在差异，且系争品种的特异性源于对原始品种的简单修饰（如选择自然突变体、回交等），而非通过独立创新获得。权利行使的认定，实质性派生品种的培育人需获得原始品种权人的许可才能实施该品种（如生产、销售繁殖材料），且需向原始品种权人支付合理使用费；未经许可实施的，构成侵权。例外情形的认定，审查系争品种是否属于法律规定的不视为实质性派生品种的情形（如为适应特定生态环境而进行的必要改良）。
民事责任承担方式：确认关系责任，法院依法确认系争品种是否为实质性派生品种。许可履行责任，判令派生品种培育人获得原始品种权人许可后再实施该品种，并按约定支付合理使用费。停止侵权责任，未经许可实施实质性派生品种的，判令立即停止生产、销售等行为。赔偿损失责任，派生品种培育人未经许可实施的，需赔偿原始品种权人的经济损失及维权合理开支。返还财产责任，派生品种培育人因未经许可实施获得的不当利益需返还给原始品种权人。
