因申请停止侵害注册商标专用权损害责任纠纷是指注册商标专用权人向法院申请诉前或诉中停止侵害注册商标专用权的临时措施，法院采取临时措施后，生效裁判认定被申请人未构成侵权、申请人撤回申请或申请被驳回，被申请人向申请人主张因临时措施造成损失而产生的纠纷。核心在于规范停止侵害注册商标专用权临时措施的适用，平衡商标权保护与被申请人合法权益，常见于商品销售、服务提供等商标密集使用领域，典型场景如电商平台商家被指控商标侵权，临时措施导致店铺关停、商品下架后，侵权指控未成立的情形。
法律规定：核心依据为《中华人民共和国民法典》第一百七十九条、第一千一百六十五条（过错侵权责任）；《中华人民共和国商标法》第六十五条、第六十六条（临时措施相关规定）；《中华人民共和国民事诉讼法》关于诉前禁令、诉中禁令的相关规定；《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》；《最高人民法院关于审查知识产权纠纷行为保全案件适用法律若干问题的规定》。
认定要点：申请人过错认定，需审查申请人申请临时措施时是否存在过错，如明知或应知被申请人使用商标不构成侵权仍申请、提供虚假证据（如伪造商标使用对比材料）支撑申请、未合理核实侵权事实即仓促申请；若申请人基于真实证据和合理判断申请，即使最终未认定侵权，通常不认定为过错。损害事实认定，审查被申请人因临时措施遭受的实际损失，包括店铺关停导致的销售额下滑、商品下架产生的库存积压损失、品牌声誉受损、为应对措施支出的律师费/公证费等；损失需与临时措施存在直接因果关系。因果关系认定，审查损失是否直接源于法院采取的临时措施，排除市场波动、自身经营问题等其他无关因素导致的损失。
民事责任承担方式：赔偿损失责任，判令申请人赔偿被申请人的实际经济损失（直接损失如库存折价损失、间接损失如商业机会流失）及合理维权开支。消除影响责任，若临时措施导致被申请人商誉受损（如被消费者误认为侵权商家），判令申请人在电商平台公告栏、行业媒体等范围发布澄清声明。返还财产责任，若申请人因临时措施获得不当利益（如抢占被申请人市场份额），需返还该部分利益。赔礼道歉责任，若过错申请侵害被申请人人格权益相关的商誉，判令书面或公开赔礼道歉。
