因申请停止侵害植物新品种权损害责任纠纷是指植物新品种权人向法院申请诉前或诉中停止侵害植物新品种权的临时措施，法院采取措施后，生效裁判认定被申请人未侵权、申请人撤回申请或申请被驳回，被申请人主张损失赔偿而产生的纠纷。核心在于平衡种业创新保护与农业生产秩序稳定，避免临时措施不当影响农作物种植、流通，常见于种子培育、苗木种植、农业生产等领域。
法律规定：核心依据为《中华人民共和国民法典》第一百七十九条、第一千一百六十五条；《中华人民共和国植物新品种保护条例》第三十九条（临时措施相关规定）；《中华人民共和国民事诉讼法》关于诉前禁令、诉中禁令的相关规定；《最高人民法院关于审理侵害植物新品种权纠纷案件具体应用法律问题的若干规定》；《最高人民法院关于审查知识产权纠纷行为保全案件适用法律若干问题的规定》。
认定要点：申请人过错认定，需审查申请人是否未核实繁殖材料的品种属性即申请措施、是否明知被申请人使用的是合法品种仍申请、是否未考虑农业生产季节性特点仓促申请；若申请行为导致农作物错过种植/收获季节，可加重过错认定。损害事实认定，包括繁殖材料查封导致的腐烂损失、种植计划延误的减产损失、农户索赔损失、种业企业商业信誉受损等；需结合农业生产周期、作物产值等因素核算。因果关系认定，重点区分临时措施与自然灾害、市场波动等其他因素导致的农业损失。
民事责任承担方式：赔偿损失责任，判令申请人赔偿被申请人的实际经济损失（如繁殖材料损失、减产损失、农户索赔款）及合理维权开支（如品种鉴定费、律师费）。消除影响责任，若临时措施导致被申请人在种业市场的声誉受损，判令在种业期刊、农业技术推广平台等范围发布澄清声明。紧急补救辅助责任，若因临时措施导致种植延误，判令申请人协助被申请人采取补种、改种等补救措施，相关费用由申请人承担。返还财产责任，若申请人因临时措施获得的不当利益，需返还给被申请人。
