因申请停止侵害技术秘密损害责任纠纷是指技术秘密权利人向法院申请诉前或诉中停止侵害技术秘密的临时措施，法院采取措施后，生效裁判认定被申请人未侵权、申请人撤回申请或申请被驳回，被申请人主张损失赔偿而产生的纠纷。核心在于平衡商业秘密保护与企业经营自主权，避免临时措施不当导致技术研发停滞、商业合作终止，常见于技术研发、生产加工、商业合作等涉及技术秘密的领域。
法律规定：核心依据为《中华人民共和国民法典》第一百七十九条、第一千一百六十五条；《中华人民共和国反不正当竞争法》第十七条（临时措施相关规定）；《中华人民共和国民事诉讼法》关于诉前禁令、诉中禁令的相关规定；《最高人民法院关于审理侵犯商业秘密民事案件适用法律若干问题的规定》；《最高人民法院关于审查知识产权纠纷行为保全案件适用法律若干问题的规定》。
认定要点：申请人过错认定，需审查申请人是否未核实技术信息的秘密性、价值性即申请措施、是否明知被申请人技术源于合法渠道（如自主研发、合法受让）仍申请、是否提供虚假的技术秘密比对证据支撑申请；若申请人未对技术秘密的权利基础进行合理核查，认定为存在过错。损害事实认定，包括研发项目停滞的投入损失、商业合作终止的违约损失、技术团队稳定性受损的损失、企业商业信誉受损等；需提供研发合同、合作协议等证据佐证。技术秘密权利基础审查，若生效裁判认定申请人主张的技术信息不构成技术秘密，可直接认定申请人存在过错。
民事责任承担方式：赔偿损失责任，判令申请人赔偿被申请人的直接损失（如研发投入损失、违约赔偿款）、间接损失（如商业合作机会流失、技术团队流失损失）及合理维权开支（如技术鉴定费、律师费）。消除影响责任，若临时措施导致被申请人商业信誉受损，判令在行业媒体、商业合作平台等范围发布澄清声明。研发恢复辅助责任，若临时措施导致研发项目停滞，判令申请人承担必要的研发恢复辅助费用。返还不当利益责任，若申请人因临时措施获得的商业竞争优势及不当利益，需返还给被申请人。
